Anežský klášter se nachází na vltavském břehu Starého Města pražského. Jedná se o dvojklášter, v němž vedle sebe žily řeholnice řádu klarisek a mniši řádu menších bratří. Zakladatelkou kláštera byla Anežka Přemyslovna, která se zde stala abatyší. Přesné datum založení není známo, avšak předpokládá se rok 1231, kdy byla ukončena jednání o jejím sňatku. Její bratr, král Václav I., věnoval klášteru pozemek na pravém břehu Vltavy v příhodné poloze v sousedství špitálu a udělil mu veškeré privilegia a svobody. Okolí bylo obydleno převážně řemeslníky.

Anežka Přemyslovna byla nejmladší dcerou krále Přemysla Otakara I. Od třetího roku věku byla vychovávána v klášterech – nejdříve ve slezské Třebnici a později v doksanském premonstrátském klášteře. Když ji otec zaslíbil synovi německého císaře Jindřichovi, strávila šest let v klášteře Klosterneuburg u Vídně, kde se seznámila s cisterciáckou raně gotickou architekturou. Po zrušení zasnoubení se vrátila do Prahy. Otec ji pak znovu zapojil do své sňatkové politiky a nabídl ji dokonce samotnému císaři Fridrichovi II. Po jeho smrti si Anežka mohla zvolit sama – místo sňatku se rozhodla pro řeholní život a vstoupila do kláštera, který sama založila. V tomto rozhodnutí ji podporovaly papežská autorita i její vlastní rodina.

Anežský klášter se stal centrem františkánských ideálů v českých zemích. Řád menších bratří založil sv. František z Assisi na základě principů mravní obrody, chudoby a misijní činnosti. Ženská odnož řádu, řád klarisek, vycházela z učení sv. Kláry, která žila u kostela sv. Damiána v Assisi. Řádové sestry se věnovaly péči o nemocné. V českých zemích byla první oddanou stoupenkyní těchto ideálů Anežčina sestřenice Alžběta Durynská, která se podobně jako Anežka vzdala svého společenského postavení.

Stavba kláštera probíhala rychle. Hlavní stavbou byl kostel sv. Františka, zpočátku bez presbytáře. Současně s ním bylo vybudováno východní křídlo konventu, které se rozprostíralo severně od kostela až k břehu Vltavy. Už v roce 1234 byl klášter vysvěcen. Téhož roku, 25. března, se konvent klarisek a kostel otevřely v den Anežčina vstupu do řádu. Počátky společenství byly rychlé – v roce 1233 nejdříve přišlo pět italských sester z Tridentu; později se připojilo sedm dalších urozených dívek z českého království. V následujících letech (1234–1238) si Anežka dopisovala se sv. Klára a s papežem Řehořem IX. V roce 1237 jej papež odměnil řadou významných privilegií.

V další stavební etapě byla vybudována mužská část kláštera na místě staršího špitálu. Vznikla kaple sv. Barbory, která byla spojena s boční lodí kostela sv. Františka. Na severní stranu presbytáře kostela byla přistavěna patrová obytná budova o třech klenebních polích; později byla přestavěna na kapli Panny Marie. Severně od ní byla umístěna Anežčina soukromá kaple a v patře její obydlí. Vybudován byl také ambit klarisek, přestože v redukované podobě – oproti původnímu plánu byl zmenšen z osmi na šest klenebních polí v každém rameni. Stavba pokračovala i v padesátých letech 13. století.