Kostel sv. Mikuláše v Jaroměři vznikl z iniciativy prvního pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic. Podle svého slibu měl Arnošt založit čtyři kláštery svého řádu, a založení kostela se datuje do roku 1349 za vlády krále Karla IV., přičemž Arnošt na podporu stavby vyhlásil veřejnou sbírku v celé arcidiecézi. Kostel později povýšil z farního chrámu na konventní kostel Řádu řeholních kanovníků sv. Augustina. Papežem Inocencem VI. bylo roku 1358 oficálně potvrzeno jeho založení, zřízení proboštství a převedení duchovní služby.

Stavba trojlodní stavby se zahájila v 60. letech 14. století, ačkoli se někdy uvádí rok 1404, kdy augustiniáni žádali o přesídlení z kostela Panny Marie. Projektován byl jako zkrácená verze kostela ve Vratislavi, s bohatým klenbovým systémem, z nějž se do dnů zachovala jen zbytky. Husitské války stavbu přerušily; klenby byly definitivně dokončeny až na počátku 16. století. Kostel však postihla osudná chyba založení — severní část stojí na skále, zatímco jižní část na labských náplavách. Toto chybné umístění se každých sto let projevilo vážnými statickými problémy a vykláněním jižní stěny.

Chrám během příštích staletí čelil sérii katastrof. V roce 1548 vyhořela věž v jihozápadním průčelí; opravy trvaly až do roku 1562. Roku 1584 byly zesíleny pilíře hlavní lodi. Renesanční předsíň se přistavěla v roce 1590 před západní průčelí. Další požár vypukl v roce 1670. O třináct let později, v roce 1683, byly podchyceny pilíře na jižní straně a severní věž byla snížena. Zvonice byla dokončena roku 1707. V roce 1753 došlo k tragédii — městská věž na severním boku se zřítila a v jejích troskách zahynula rodina hlásného.

Na počátku 20. století se kostel ocitl v havarijním stavu. Architekt Josef Mocker vypracoval v roce 1889 posudek a návrh na záchranu. Roku 1904 bylo zahájeno komplexní restaurování pod vedením jaroměřského stavitele Jana Čermáka, který si kostel zaměřil a rozpočet připravil již v roce 1888 a interiér opravil roku 1895. V letech 1904–1909 probíhala tzv. regotizace — stavební obnova vedoucí k obnovení gotických prvků. Střecha, původně sedlová a krytá železnobrodskou břidlicí, byla upravena tak, aby střední loď měla vlastní samostatnou střechu, čímž se zmírnily tlaky na obvodní zdi. Restaurování pokračovalo do roku 1908 podle plánů Josefa Mockera.

Kostel svatého Mikuláše zůstává doposud jednou z nejvýznamnějších gotických dominant Jaroměře. Jeho bohatá historie — od středověkého slibu arcibiskupa přes husitská perturbace až k záchranné obnově v moderní době — jej činí nepostradatelným cílem návštěvy pro každého, kdo se zajímá o českou gotiku a stavitelskou historii.