Osada Zderaz, jejímž se kostel stal součástí, má původ v prastarých dobách a odvozuje své jméno od starého vlastníka Zderada. Poprvé se připomíná již roku 1115 spolu s kostelem, který byl původně zasvěcen svatým Petrovi a Pavlovi. V závěru 12. století patřila vesnice českým šlechticům Kojatovi a Všeborovi z rodu Hrabišiců, kteří svůj majetek věnovali k založení kláštera křižovníků – Strážců Božího hrobu. Tímto činem však obyvatelé přišli o svůj farní chrám, a tak bratři místo něho vystavěli nový romanský chrám zasvěcený svatému Václavovi, který převzal všechny farní funkce. Podle dochované zprávy byl kostel svěcen pražským biskupem Valentinem 26. listopadu 1181.

Archeologické průzkumy z let 1927 až 1929 vedené Karlem Guthem odhalily původní podobu stavby: jednoduchá, jednolodní obdélná budova s polokruhovou apsidou na východě a mohutnou hranolovou nárožní věží z kvádříkového zdiva na straně západní. Kolem chrámu se rozprostíral hřbitov, jehož součástí byly i tři náhrobní desky – dvě jsou dnes umístěny v Muzeu hlavního města Prahy na Florenci, třetí v Lapidáriu.

Po založení Nového Města se kostel svatého Václava stal jedním z jeho farních chrámů. Při něm byla zřízena škola a hřbitov zůstal v provozu. Roku 1324 si klášter zakoupil poblíž kostela dům s lázní, v nichž následně zřídil špitál. Patronátní práva nad chrámem si křižovníci udrželi a patrně stáli i za jeho přeměnou v gotiku, kterou prováděli během druhé poloviny 14. století v souladu se stavbami ostatních novoměstských farních kostelů. Z vizitačních zpráv pražského arcijáhna Pavla z Janovic z let 1379 až 1382 víme, že chrám měl čtyři oltáře a bylo vybaveno veškerým potřebným liturgickým zařízením. V té době již stál zaklenutý chór o dvou polích křížové klenby, loď však zůstala bez klenby a kryla ji patrně pouze dřevěná střecha podpírená dvěma sloupy.

Husitské války zanechaly v chrámu hluboké stopy. Pátého srpna 1420 vypálili husité klášter a kostel se farou byly následně předány husitským kněžím. Po skončení válek došlo k obnově, kdy u dvojice sloupů podpírajících dřevěný strop přibyly nové oltáře – jeden zasvěcený svatému Mikulášovi a Prokopovi, druhý svatému Janu Křtiteli. Kolem roku 1500 byl ozdoben hlavní oltář gotickou archou, která však byla v roce 1760 přesunuta do farního kostela sv. Vojtěcha v Jílovém.

Roku 1586 přispěl císař Rudolf II. na záchranu kostela částkou 300 kop, čímž umožnil zásadní přestavbu. Zbořen byl původní dřevěný strop a loď byla zaklenuta novou klenbou v pozdně gotickém duchu s terakovými žebry, svedenou na renesančních toskánských polosloupcích. Stavbu řídil Karel Mělnický. Od roku 1623, kdy císař Ferdinand II. věnoval chrám řádu bosých augustiniánů, se kostel v rámci jejich oprav a údržby stal duchovním centrem nové komunity. Klášterní ambit byl při něm dokončen roku 1641.

Dnes zbožňuje v chrámu Československá církev husitská a chrám zůstává svědectvím dlouhého vývoje od pohanské osady přes křesťanské středověko až k moderní církevní realitě. Návštěva nabízí možnost sledovat vrstvení architektury a historických období na jednom místě.