Kostel stojí na Dominikánském náměstí a je chráněn jako kulturní památka České republiky. Poprvé se o něm zmiňuje středověký letopisec Beneš Minority v roce 1233, kdy zmínil nejstarší klášter ve městě. Pražský biskup Jan II. z Dražic jej založil pro františkány-minority, kteří zde žili a sloužili. Konventní budovy vznikly společně s kostelem a byly součástí městského opevnění. O nejstarší podobě stavby se jistě neví; předpokládá se pouze, že kostel stonal původně na jihu, zatímco klášterní budovy zaujímaly sever.

Koncem 14. století se kostelu dostalo bohaté podpory – kolem roku 1390 jej obdaroval Ješek Kamenický z Čakovic, což zřejmě vedlo k pokročilejší přestavbě. Husitská revoluce roku 1421 přinesla devastaci. Chrám byl však po jejím skončení obnoven. Horší úděl jej čekal během třicetileté války – byl zničen a dlouhá léta pustl v ruinách.

Znovuzrození nastalo po bitvě na Bílé hoře. V letech 1662–1667 proběhla první pobělohorská přestavba. Klášter však nadále bojoval se zkouškami – v roce 1714 jej ničivý oheň poničil. Následující opravy se staly rozsáhlejšími. V roce 1715 byl presbytář již téměř hotov a budovalo se na hlavní lodi kostela. Tehdy se uzavřel kontrakt s architektem, zřejmě Octaviem Broggiem, který v roce 1716 projekt zjednodušil. Dnešní pozdně barokní podobu kostela získal v období 1730–1740. Svěcení se uskutečnilo 14. července 1750, dlouho po Broggiem smrti. Roku 1752 byla dokončena loď, a v roce 1758, když byl osazený oltář sv. Anny, byl chrám konečně uzavřen – další vybavení se instalovalo ještě do roku 1781.

Architektonicky jde o jednolodní stavbu s odsazenou polokruhovou apsidou, kterou na severu doplňují klášterní budovy. Průčelí bez věží je dvouetážové, zdobené vysokými štenýři pilastrových svazků na rozích. Hlavní říms vyvěnčuje štítový nástavec s volutovými křídly a sochou sv. Jakuba. Jižní strana má osový rizalit s trojúhelníkovým štítem. Vysoké pilastry a okna s trojdílnými záklenky zdůrazňují pozdně barokní a rokajový sloh.

V interiéru návštěvníka vítají placké a lunetové klenby, které jsou oddělené pásy na vtažených pilastrových svazcích. Varhanní kruchta na západě má zvlněný poprsník a chrání závěr presbytáře v podobě polokruhu. Z vybavení si zaslouží pozornosti rokokový oltář sv. Vincence Ferrerského z umělého mramoru (pol. 18. stol.) se sochami sv. Augustina a bl. Jindřicha Susa, dále oltář sv. Jana Nepomuckého a kazatelna z konce 18. století украшена sochou sv. Jakuba.

Minorité sloužili v chrámu až do roku 1877, kdy je nahradili dominikáni. Po komunistické Akci K z roku 1950, která zrušila mužské kláštery, převzalo správu kostela litoměřické děkanství, které jej spravuje doposud. Kostel tak zůstává určitou spojnicí středověké zbožnosti, barokního lesku a dnešního katolického života v Litoměřicích.