Kostel svatého Jana Křtitele, kterému také patří název Kostel narození svatého Jana Křtitele a Panny Marie Ochránkyně města, slouží místní farnosti a je vyhledávaným poutním místem. Byla to manželka krále Václava IV., Žofie Bavorská, která dala kostel vystavět jako gotickou stavbu v letech 1399–1400. Budova vznikla na místě starší románské baziliky ze 13. století – z ní se dochovaly fragmenty architektonických prvků a apsida. Název Dvůr paní králové pochází právě z doby, kdy byl Dvůr sídlem Žofie Bavorské, která byla korunována královnou v roce 1400.

Historií kostela prošla řada měr a změn. Presbytář a kněžiště byly dokončeny v 15. století a následně po požáru znovu postaveny. Dlouhou dobu, od roku 1411 do 1773, byl kostel zasvěcen svaté Kateřině Alexandrijské. V roce 1644 získal svou dominantní prvek – vysokou hranolovou věž s dřevěným ochozem a bytem pověžného. Roku 1773 jej znovu vysvětil královéhradecký pomocný biskup Matouš František Chorinský z Ledské a vrátil mu původní zasvěcení sv. Janu Křtiteli.

Mezi lety 1893 a 1900 byl kostel regotizován podle návrhu architekta Františka Schmoranze. Stavitel Eduard Thyma zajistil rekonstrukci a také zvýšil věž na současných 64 metrů. V roce 1901 bylo na severní straně kostela přidáno okno s obrazem Panny Marie Královny. Severní fasáda zůstala bez oken kvůli středověkému opevnění města.

Architektura kostela se vyznačuje nepravidelným půdorysem a konstrukčním řešením síňového trojlodí. Presbytář se nachází na východě, sakristie na straně severní. Fasáda je zdobená pouze omítkou, konstrukci zdobí vnější opěrný systém. Dominantní jsou gotické lomené portály se složitou profilací – výžlabky, hruškovce a obloučky. Okna kostela jsou typicky gotická: zaoblená okna v presbytáři osvětlují vitrážní okno v oltáři, zatímco v lodích dominují lomená okna s gotickou kruzbou. Věž má charakteristické nárožní vížky.

Zvláštní historickou hodnotu má osud tzv. Rukopisu královédvorského. Roku 1817 jej ve věžní kobce kostela nalezl místní kaplan Pankrác Ignác Borč a předal jej Václavu Hankovi. Pergameny se staly součástí významného literárního sporu a od konce 19. století byly považovány za padělek. Kostel je chráněn jako kulturní památka České republiky. Roku 2007 farář Jan Czekala inicioval opravy chrámového interiéru, při kterých byly objeveny další archeologické nálezty. Dnes zůstává Kostel svatého Jana Křtitele místavou, která připomíná bohatou středověkou historii Dvora Králové a jeho postavení v královské říši.