Kostel svatého Klimenta v Stupavě je výrazem dlouhého úsilí místní komunity o vlastní chrám. Tento malý římskokatolický chrám v okresu Uherské Hradiště byl postaven v polovině devatenáctého století a stal se střediskem farního života.

Snahy o vybudování vlastního kostela trvaly již od osmnáctého století, avšak až v roce 1841 udělil císař Ferdinand I. Dobrotivý povolení k stavbě financované náboženskou maticí. Pozemky pro kostel, faru a hřbitov věnovala Ludmila Berchtoldová. Zajímavostí je, že kostel vznikl na místě bažiny, zatímco fara a hřbitov na vymýceném lesním pozemku. Stavbu vedl stavitel František Růžička z Napajedelé, tesařské práce vykonával mistr Šaňák z Uherského Hradiště. Fara byla postavena první; bydlel v ní dozorce stavby inženýr Antonín Přerovský z Brna. Základní kámen posvětil 30. srpna 1857 boršický farář Chrysostom Nesrsta přímo pod věží. Stavba byla dokončena do roku 1859, celkové náklady činily 30 000 zlatých.

Stupava byla původně součástí osvětimanské farnosti. Samostatná stupavská farnost byla zřízena 19. srpna 1863 s přičleněním Koryčanské huče z koryčanské farnosti a Starých Hutí z buchlovické farnosti; měla 1 200 věřících. Farář Chrysostom Nesrsta kostel i faru vysvětil 4. října 1863. Téhož roku jej navštívil olomoucký arcibiskup Bedřich z Fürstenberka, který zajistil financování vnitřní výbavy. Prvním farářem se 22. června 1864 stal Vavřinec Sigmund. Hřbitov byl vybudován v letech 1861–1863 a vysvěcen 4. října 1863. 24. listopadu 1990 zde sloužil mši arcibiskup František Vaňák po rozsáhlé rekonstrukci chrámu. Farnost byla 1. ledna 2006 zrušena a začleněna zpět do koryčanské farnosti. Od července 2006 se zde neslouží pravidelná nedělní mše; služby probíhají jen v sobotu během letního období. Pouť sv. Klimenta se koná každoročně v neděli kolem 23. listopadu.

Interiér vypovídá o péči věřících. Hlavní oltář nemá obraz. Dva boční oltáře jsou věnovány Panně Marii a svatému Janu Nepomuckému, doplňuje je kazatelna a sousoší Křtu Páně. Sochy svatého Jáchyma, Václava a Vavřince zhotovil sochař Josef Hromádka z Litenčic. Původní obraz sv. Klimenta pocházel z vídeňské firmy Koller et. Comp., obraz Panny Marie Růžencové namaloval akademický malíř Jan Hlávka z Prahy. Varhany instaloval brněnský varhanář Ferdinand Miksche 14. září 1861. V roce 1863 vyrobil zpovědnici střílecký stolař Nedvěd. Sochy Panny Marie Bolestné, Panny Marie a Božského Srdce Páně byly přidány v roce 1929. V roce 1942 byly původní zvony z věže zabaveny a nahradil je zvon umíráček z obecní zvonice. V roce 1989 odlila zvon Cyril Metoděj firma Dytrych z Brodku u Přerova, který váží 150 kilogramů a zní tónem E2.

Dnes není chrám již hlavním centrem farního života. Sobotní mše v letním období a poutní slavnost zůstávají připomínkou živé tradice. Průvodce zde najde bohaté umělecké dílo osmnáctého a dvacátého století, svědectví dlouhé cesty, kterou místní věřící ušli, aby měli svůj vlastní chrám.