Kostel svatého Jana Nepomuckého stojí na Svatoplukově ulici v Prostějově. Je filiální kostelem farnosti sv. Petra a Pavla a bývalým klášterním chrámem řádu Milosrdných bratří.

Na místě dnešního kostela se dříve nacházel Obecný dvůr zvaný Schellenbergův. V roce 1733 jej zakoupil řád Milosrdných bratří s finančním přispěním knížat z Lichtensteinu. Bratři nejprve vybudovali provizorní nemocnici a malou kapli. Po dalším rozšíření majetku v roce 1739 a uvedení nemocnice do provozu se začalo hovořit o stavbě velkého klášterního kostela. Stavbu inicioval převor P. Narcis Schön, kterou finančně podporovali Lichtensteinové. Kněžna Alžběta darovala na projekt deset tisíc zlatých.

Stavba probíhala od roku 1751 do roku 1755 podle návrhů italského architekta Antonia E. Martinelliho. Kostel byl slavnostně vysvěcen 5. října 1755 olomouckým biskupem Janem Karlem Leopoldem ze Scherffenbergu, což dokumentuje latinský nápis nad hlavním vchodem. Zdobení interiéru pokračovalo dlouho po vysvěcení. V roce 1756 zde umístili varhany, oratoř a boční oltář zasvěcený sv. Janu z Boha, zakladateli řádu. Výzdoba byla definitivně dokončena až v roce 1766 italskými mistry, jejichž jména se nezachovala. Na stropech tvořil freskami František Antonín Sebastini, sochy jsou převážně dílem Josefa Schuberta a řezbářské práce Františka Hirnla.

Vnitřek kostela oslňuje rokokovými dekorativními prvky. Stropní malby vypravují legendu sv. Jana Nepomuckého: zpověď královny Žofie, výslech před králem Václavem IV., smrt mučedníka a jeho glorifikaci v nebi. Poslední scéna - oslavení sv. Jana v nebi - představuje vrchol cyklu. Klečící svatec vzhlíží k nebesům se zámky v rukou jako symbolem mlčenlivosti, kolem něj poletují andílci a celý obraz je prosycen světlem symbolizujícím nebeské společenství.

Kostel obsahuje sedm oltářů a dvě kaple. Hlavní oltář sv. Jana Nepomuckého z roku 1755 je pozdně barokní s rokokovými prvky. Oltář sv. Jana z Boha je nejstarší a obsahuje ostatky tří svatých, jejichž autentičnost je dosvědčena dokumentem z roku 1827. Oltář Svaté Rodiny obsahuje obraz od Sebastiniho zobrazující Pannu Marii s Ježíškem a sv. Josefa s královskou korunou a nápisem odkazujícím na císaře Leopolda I. Mezi další oltáře patří ty zasvěcené sv. Jiřímu (z let 1765-1770), sv. Petrovi a Pavlovi, sv. Vendelínovi a Utrpení Páně.

Dnes je kostel součástí farnosti sv. Petra a Pavla. Řeholníci - salesiáni - zde pravidelně celebrují mši svatou. Od ledna 2023 se zde každou neděli slaví mše podle tridentského rituálu se svolením arcibiskupa olomouckého Josefa Nuzíka. Kostel tak zůstává živou součástí náboženské komunity a zároveň jedinečnou ukázkou bohatství české barokní sakrální architektury a umění.