Nejstarší chrám na tomto místě vznikl v 12. století v souvislosti s rozvojem nedalekého Týnského dvora. První písemná zmínka se váže k roku 1135. Zasvěcen byl Panně Marii a panovník jej svěřil péči Vyšehradské kapitule. S rozvojem Starého Města nabýval chrám na důležitosti a stal se farním kostelem. Na přelomu 13. a 14. století jej nahradila raně gotická trojlodní stavba se třemi klenebními poli a kryptou pod polygonálně zakončeným presbytářem. Ve věži je doložen zvon z roku 1310, který měl roli při obsazení Prahy Janem Lucemburským. Od roku 1365 zde působil Konrád Waldhauser, jeden z prvních reformních kazatelů, který byl pohřben na přilehlém hřbitově roku 1369.

V polovině 14. století iniciovali bohatí farníci stavbu nové vrcholně gotické trojlodní baziliky. Stavbu vedli významní stavbytelé z největšího stavebního podniku v Čechách. Postupně na stavbu měl vliv Matyáš z Arrasu a zejména Petr Parléř. Jeho vliv je patrný z kružeb oken hlavní lodi a zvláště z okna východního průčelí vysokého 28 metrů. Severní portál je zpracován s výjimečným sochařským důmyslem – v tympanonu se nachází pašijový cyklus. Ikonografie severního sedile odkazuje na kulturní prostředí krále Václava IV., který mohl tato umělecká díla osobně ovlivnit, neboť chrám byl situován nedaleko jeho nového hlavního sídla Královského dvora.

Okolo roku 1380 novostavba začala sloužit svému účelu a došlo k přenesení oltářů z původního raně gotického kostela. Stavebními materiály byly pískovec na detaily a armování opěráků, a měkčí opuka jako lomový kámen pro výplňové stěny. Před vypuknutím husitských válek byly dostavěny tři lodě, zůstává však nejisté, zda byla hlavní loď zaklenuta. Stavbě stále chyběly západní štít, nejspíše také klenba a krov hlavní lodi a obě věže.

Chrám se brzy stál centrem husitského reformního hnutí. Od roku 1427 tu působil Jan Rokycana, který byl roku 1435 zvolen utrakvistickým arcibiskupem, avšak nikdy nepotvrzený. Roku 1471 byl v kostele u sakristie pohřben Jiří z Poděbrad, blízký Rokycanův spolupracovník. Po husitských válkách měla být stavba konečně dokončena, ale dřevo určené na krov bylo místo toho použito na stavbu šibenic pro Jana Roháče z Dubé a jeho druhy popravené na rozkaz císaře Zikmunda. Krov byl proto nejspíše dokončen až roku 1457, prakticky dvacet let později.

Týnský chrám patří mezi architektonicky i umělecky nejcennější pražské kostely. Jeho monumentální průčelí obrácené k náměstí zůstává jednou z nejznámějších dominant Prahy a žívým svědectvím bohaté české středověké minulosti.