Barokní kostel na Zlíchově svou vyvýšenou polohou na skále tvoří výraznou dominantu okolí, kterou doprovází hřbitov s ohradní zdí. Jde o chráněnou kulturní památku České republiky.

Počátky sakrální stavby na tomto místě sahají hluboko do středověku. Poprvé se o kapli sv. Štěpána zmiňují písemné záznamy z 13. února 1257, kdy ji kralj Přemysl Otakar II. připsal vyšehradskému kanovníku Bartolomějovi. Původní románská kapela byla později přestavěna v gotickém slohu. Na konci 14. století ji získali smíchovští kartuziáni, za něž došlo k další gotické přestavbě. Roku 1418 však husité smíchovský klášter včetně zlíchovské stavby zničili. Kostel se pak ocitl pod správou utrakvistů, dokud jej roku 1624 spolu s okolní obcí nekoupili jezuité z Klementina. Pod jejich správou se Zlíchov stal výchozím bodem jezuitské misijní činnosti.

Roku 1713–1714 jezuité starý kostel zbořili a na jeho místě vztyčili nový chrám v barokním slohu. Posvěcen byl 5. května 1714 ke cti apoštolů Filipa a Jakuba mladšího. Atypicky je orientován k severu – důvodem byl nedostatek stavebního prostoru na skále. Stavba má obdélníkovou chrámovou loď s plochým stropem a pravoúhlý presbytář s hranolovou věží. Roku 1749 se Zlíchov připojil k farnosti Smíchov. Fara byla zde zřízena až roku 1872, kdy první farář sem přišel. Okolní majitel vápenek Max Herget pro ni daroval dům.

Sbírka architektonických prvků doplňuje vzhled kostela. Na severní straně na skále se na 225 centimetrů vysokém pískovcovém podstavci vypíná barokní socha sv. Jana Nepomuckého. U cesty vedoucí ke kostelu stojí na sloupu z červeného pískovce socha Panny Marie Svatohorské z konce 17. století. V průběhu 19. století prošel chrám několika opravami – roku 1885 byla opravena jeho fasáda, roku 1901 byl kostel vymalován a omítnut a obnoveny byly oltáře.

Druhá světová válka kostelu přinesla tíživou roli. V květnu roku 1945 zde dočasně spočívali zastřelení vlastenci a vojáci z Pražského povstání, než byli pohřbeni na Hlubočepský hřbitov. V následujících desetiletích (1948–1989) chrám trpěl zanedbáváním a chátral. Přesto se v něm pravidelně konávaly bohoslužby. Roku 1972 byla z hlavního oltáře objevena a do Národní galerie přemístěna vzácná pozdně gotická dřevořezba dvorské mistra IP. Generální oprava kostela se uskutečnila až v letech 1991–1993. Od roku 1957 je chrám chráněn jako kulturní památka.

Dnes se v kostele konají pravidelné bohoslužby a chrám je veřejnosti přístupný. Zvláštní příležitostí k návštěvě je Noc kostelů. Hřbitov obklopující chrám již od roku 1897 není místem nových pohřbů, jeho starší hroby z let 1890–1896 byly přemístěny na Hlubočepský hřbitov. Pomník padlým v Květnovém povstání doplňuje památku na dramatické dny roku 1945.