Kostel svaté Markéty v Šonově má bohatou historii. Původně zde stál chrám svatého Jana Evangelisty, který se nacházel na místním hřbitově. Tento zděný kostel je písemně zmíněn již v roce 1354 a v průběhu své existence prošel opravami v letech 1547 a 1688. V roce 1775 však tragicky shořel. Zbytky jeho vybavení – dvě kamenné desky se jmény kostelních funkcionářů a trojúhelný štítek sanktuáře – byly zazděny do ohradní zdi hřbitova a jsou dnes vystaveny v broumovském klášteře.

Po zániku původního chrámu přešla zdejší farnost na nový kostel sv. Markéty. Stavba probíhala v letech 1727–1730. Stavitelem byl podle všeho Kilián Ignác Dientzenhofer, což vyplývá z jeho činnosti pro broumovské benediktiny a zvlášť kvalitního architektonického řešení. Kostel vznikl zejména zásluhou broumovského opata Otmara Zinkemova. Od počátku roku 2010 přestal být farním kostelem a stal se filiálkou Broumova.

Architektura kostela se vyznačuje členitým půdorysem. Budova je orientována štítovou zdí s průčelím směrem ke broumovskému klášteru, který je vidět z kruchty nebo věží. Loď kostela měří 25 metrů na délku a 12 metrů na šířku. Na východní straně lodi vybíhá sakristie a depozitář, na západní straně jsou úhlopříčně umístěny čtyřboké dvoupatrové věže zakončené baňkami. Střecha je sedlová a zvalbená nad kněžištěm, které zaujímá prostor pět krát pět metrů. Kostel má šest vchodů s ostěními – tři vedou do předsíně a tři do lodi. Okna mají kamenné ostění.

Zvony v kostele vypovídají o turbulentním dvacátém století. Původně měl čtyři zvony, během první světové války však byla jejich větší část zrekvírována. V roce 1927 pořídila kostelní obec tři nové zvony z broumovské zvonařské dílny Octava Wintera. I ty však byly během druhé světové války zabrány, až na jeden zvon z roku 1629, který byl později převezen na zvonovou věž klášterního kostela v Broumově.

Na hřbitově pod návrším se nachází zajímavý artefakt – kamenný reliéf zazděný v ohradní zdi na západní straně, zvaný sv. Vojtěch. Kámen z červenohnědého pískovce je vysoký jeden metr a 0,35 metru široký. Zobrazuje bezvousého muže sedícího na vysoké stolici, který drží biskupskou hůl a kříž. Na kameni byla původně patrná datace 1112, která je dnes již neviditelná. Předpokládá se, že by mohl jít o starý hraničník klášterních pozemků. Dnes je reliéf vystaven v broumovském muzeu.

V současnosti se bohoslužby v kostele sv. Markéty nekonají. Věřící se scházejí v kapli Panny Marie Růžencové na místním hřbitově, která stojí právě na místě původního chrámu sv. Jana Evangelisty.