Kostel svatého Petra a Pavla představuje řídké archeologicko-architektonické svědectví více staletí české stavitelské tradice. Nejstarší částí chrámu je románský kostec sv. Michala, vybudovaný přibližně v polovině 12. století. Založili jej pánové z Chlumu, významný rod, který při stavbě vyjádřil svůj nárok na držené území – v té době patřilo všechno zemědělské vybavení králi, ten jej však dával do zástavy šlechtě. V jedné z hrobek zde odpočívá sám Jistislav, příslušník tohoto mocného rodu. Nejstarší písemné zmínky o stavbě pocházejí až z počátku 14. století, z let 1307 či 1310, takže o prvotních dekádách vývoje kostela lze usuzovat pouze z analyzovaného architektonického řešení.

Od roku 1307 či 1310 převzali patronát nad kostelem rytíři německého řádu, jejich komenda sídlila v nedalekých Drobovicích. Později, během 14. století, se kolem původního kostelíka začal formovat sám Čáslav. Po založení města (po roce 1248) byla obec nucena stavit větší chrám – vznikl nový presbytář, který stavebně tvoří jediný celek s původní románskou stavbou. Z dokumentů vyplývá, že zhruba v polovině 14. století bylo přidáno trojlodí a současně vybudována kaple Panny Marie Bolestné, dnes zvaná kaple svaté Anny. Předpokládá se, že při této příležitosti kostel získal svá dnešní zasvěcení – jména apoštolů Petra a Pavla.

Druhá polovina 14. století přinesla do chrámu hojnost oltářů, což vypovídá o jeho finanční prosperitě. Mezi lety 1358 a 1405 zde postupně vznikaly oltáře – mimo jiné sv. Kateřiny (1362), sv. Zikmunda (1387), sv. Mikuláše (1389), sv. Leonarda, Felixe a Adaukta (1390), a nakonec sv. Křížem nazvaný (1404). Taková koncentrace svatyň nebyly běžné, a jejich počet čáslavský chrám řadí mezi významná středověká letoviště poutníků a věřících.

Věž, dnes majestátně vyvyšující se do výšky 88,5 metrů, byla vestavěna do nároží mezi presbyteriem a jižní lodí zhruba na počátku 15. století. Její dostavba však zabrala desítky let. Práce se rozběhly kolem let 1491 či 1494 a pokračovaly systematicky: v roce 1497 smlouva s mistrem Blažkem na kamenické práce pro věž, v roce 1498 nákup provazu na vytahování kamenů, v roce 1502 smlouva na krov, a konečně v roce 1506 byla na vrchol posazena korouhvička. Památné je, že kostel hostil důležitou státní událost – v červnu 1421 se zde konal Čáslavský sněm.

Středověké stavby však trpěly. Rok 1452 přinesl první velký požár, který vyžádal si na něm malby a úpravy – tehdy vznikl severní přístavek s klenbou. Daleko horší byl požár roku 1522, po němž se obec rozhodla k rozsáhlé obnově. Od roku 1537 zaměřily stavitelé pilíře a klenby trojlodí, přebudovaly se části průčelí. Chrám si tak v průběhu sedmi staletí vytvořil vlastní tvář – jednotný, přesto vícevrstvý.

Dnes představuje Kostel svatého Petra a Pavla živoucí knihu čáslavské historie. Návštěvník zde vidí v единственé stavbě spojení románské – pokorné, mohutné – s gotickou architekturou vzýšenou k nebi. Věž dominuje městu jako kdysi, a presbytář sv. Michala stále střeží nejstarší vrstvu křesťanských tradic v Čáslavi.