Přestože se kostel svatého Ducha nepochybně váže k příchodu minoritního řádu do Opavy, přesné datum jeho vzniku zůstává skryto v hlubině času. Zatímco později sepsané klášterní kroniky jej datují do 30. let 13. století a spojují s knížetem Mečislavem II., středověké dokumenty takovéto tvrzení nepodporují. Jisté je jen to, že minoritský klášter s kostelem vznikl ve druhé polovině 40. let 13. století a že jej poprvé zmiňují písemnosti 3. dubna 1250, kdy byl konvent přijat mezi kláštery česko-polské minoitské provincie. Za možného zakladatele pak literatura consideruje moravského markraběte Přemysla.

Stavba postupovala postupně. Presbytář byl dokončen pravděpodobně již do roku 1269 – bylo to totiž roku 1265, kdy se v klášteře konala provinční kapitula. Loď kostela vyrůstala v následujících desetiletích, v 70. a 80. letech 13. století. Přelom 13. a 14. století přinesl znamenitou změní: v letech 1336–1347 byl postaven nový presbytář jako mohutný gotický chór přes dvacet metrů vysoký, který sloužil jako hrobka opavských Přemyslovců. Na jeho severní straně jej doplnila mocná hranolová věž.

Historie kostela však nebyla poklidná. Katastrofální požár dne 31. července 1431 postihující Opavu neušetřil ani minoritský klášter s jeho chrámem – částečně se zřítily klenby presbytáře. Dlouhé desetiletí trvalo, než se ke skutečné rekonstrukci přistoupilo; teprve v 60. letech 15. století si minorité mohli dovolit pozdně gotickou přestavbu presbytáře, který byl poněkud snížen a nově zaklenut elegantní síťovou klenbou.

S příchodem Reformace přišly nové zkoušky. Na počátku 17. století byl kostel protestanty vypleněn. V letech 1610–1611 nechal šlechtic Pertold Tvorkovský z Kravař strhnou gotickou korunu věže a nahradit ji hranolovou nadstavbou s dvojicemi a trojicemi lomených oken. Horší osud čekal kostel v roce 1689, kdy jej postihla dalšího velký požár Opavy (24. května) – znovu jej zničily pozdně gotické klenby presbytáře. Tentokrát však byla obnova rychlejší a rozhodující. Již v roce 1690 přistoupili minorité k opravám, během nichž zdivo presbytáře snížili nejméně o čtyři metry a celý kostel nově zaklenuli. Zazděná gotická okna nahradili novými barokními otvory. V následujícím 18. století pokračovaly úpravy: roku 1712 zde postavili nový hlavní oltář zdobený obrazem od Gottfrieda Herberta, roku 1714 pak rozšířili interiér o tři kaple.

Dnes představuje kostel svatého Ducha spolu se sousedním minoritským klášterem jedinečný svědek středověké gotiky proměněné barokními руками. Chráněn jako kulturní památka České republiky, zůstává v Opavě důležitou tichomilnou pamětí věků.