Kostel sv. Prokopa má hlubší kořeny, než by mohlo být patrné z jeho dnešní podoby. Původní část obce Čehovice stála na kopci zvaném Stráž a své první písemné zmínky se dočkala již v roce 1299. Během třicetileté války – nejpozději kolem roku 1634, jak naznačuje nápis na kapli – byla staré Čehovice vypáleny. Část obyvatel se tehdy přestěhovala na nové místo, přibližně 1,5 km severovýchodně do roviny, kde měli blízkost zdroje vody při potoku Vřesůvky. Jiná část zůstala a opravila své usedlosti. Tak až do konce 18. století existovaly vedle sebe dvě osady – jedna na kopci, jedna v údolí.

Oba díly obce spojoval jediný chrám. Kostel sv. Prokopa na kopci si vlastně sdílely. Přicházely sem křtít své děti, uzavírat sňatky i pohřbívat své zemřelé. Na paměť této vzájemné piety nechali obyvatelé obou osad v letech 1666 a 1667 ulít pro kostel dva nové zvony (každý asi 30 a 10 kg). Zvony posvětil až v září 1698 olomoucký biskup v Prostějově.

Když se v průběhu 18. století počet obyvatel v původní osadě zmenšoval, nabyla nová Čehovice převahu. Rozhodlo se o stavbě moderního kostela rovnou v nové osadě. Starý kostel na kopci zbořili v roce 1784, ale použitelné zdivo a součásti se přenesly do stavby nové – včetně oněch středověkých zvonů. Na místě původního chrámu připomněl budoucím generacím minulost nový objekt: kaple sv. Prokopa z roku 1804.

Nový kostel vyrůstal jako jednoduché svatostánku barokní architektury, kterou stavěl náklad hraběte Františka Josefa Jana z Khünburgu, tehdejšího vlastníka tovačovského panství. Stavba byla dokončena v roce 1789. Jak ukazuje jeho podoba dodnes, měl věž a jednoduchý půdorys, určitý čas se ozdoboval i sanktusovou věžičkou nad lodí (postavenou v 1865), kterou však válečné poškozování kostela odstraňovalo již v opravách 1946–1947.

Historie středověké farnosti sahala až do roku 1423, později zanikla v roce 1639 a kostel podléhal farnosti v Klenovicích. Čehovická farnost byla obnovena jako kurácie v 1784, samostatnou farností se stala až v 1870.

Stavbu zkoušeli čas i živly. Velký požár v květnu 1820 zničil část obce včetně obou přenesených zvonů. Postupem let padala údržba. Zejména během komunistických desetiletí se konala jen nezbytná údržba a stav postupně se zhoršoval.

Teprve v novější době došlo k opravám. V roce 2009 byl kostel ozvučen, opravil se svícení a varhany. Ale skutečně velká údržba přišla v 2013: odstraněny byly staré omítky z první republiky, kostel i věž nově omítnuty, odborně se řešila vlhkost, opravila se střecha. Dnes stojí mezi farou, školou a obecním úřadem jako vypravěč dlouhých věků.