Kostel svatého Jana Nepomuckého v Kutné Hoře patří mezi důležité barokní stavby, které vznikly v návaznosti na oslavu svatořečení sv. Jana Nepomuckého v 18. století. Iniciátorem stavby byl pravděpodobně tehdejší kutnohorský arciděkan Václav Erythrei. Rozhodujícím momentem se stalo, když se v roce 1731 kutnohorský měšťan a radní Josef Khun rozhodl městu věnovat pozemek ke stavbě kostela. Parcelou byl náměstný prostor své usedlosti, která vyhořela již v roce 1726. K projektu byl vybrán návrh architekta Františka Maxmiliána Kaňky, významného představitele baroka, který v té době pracoval pro kutnohorské jezuity. Slavnostní zahájení stavby se konalo 16. května 1734 v den svátku sv. Jana Nepomuckého.

Stavba však nebyla jednoduché záležitostí. V letech 1735 až 1739 ji museli stavbytelé přerušit kvůli nedostatku finančních prostředků. Pokračování bylo možné až poté, co se podařilo zajistit výpůjčku ze zádušních fondů kutnohorských kostelů. Další překážkou se stal rok 1745, kdy válečné události a přesuny pruských vojsk stavbu opět zastavily. V následujícím roce však byla již postavena sakristie. Kostel byl nakonec vysvěcen až 5. srpna 1753 kutnohorským arciděkanem a vyšehradským kanovníkem Václavem Jindříchem Erythreiem.

Výzdoba kostela ztělesňuje téma českého nebe a životů českých zemských patronů. Kamenné sochy sv. Vojtěcha a sv. Prokopa na průčelí jsou dílem různých autorů – socha sv. Prokopa pochází údajně od řezbáře Františka Bernarda Katterbauera ml., který se v kostele uplatnil také jako řezbář. Katterbauer pravděpodobně spolupracoval s kutnohorským řezbářem Karlem Eblerem. Dřevěné polychromované plastiky českých zemských patronů (sv. Kosma a sv. Damián, sv. Ivan a sv. Norbert, sv. Vít a sv. Zikmund, sv. Václav, sv. Ludmila) byly postupně vytvářeny na konci čtyřicátých let a kolem roku 1750. Malířskou výzdobu klenbů kostela vytvořil malíř F. X. Palka, jehož ústředním motivem je apoteóza Jana Nepomuckého. Doplňující medailony zobrazují sv. Jana Nepomuckého jako zpovědníka královny a poté jeho věznění. Menší klenbní pole nad kněžištěm líčí nálezem jeho neporušeného jazyka ve Svatovítském chrámu.

V roce 1951 byla liturgická činnost kostela náhle ukončena. Farnost byla nucena ho bezplatně pronajmout městu a vybavení bylo deponováno v depozitáři nebo převezeno do jiných kostelů. Po roce 1980 probíhala složitá rekonstrukce zajišťující klenby a obvodové zdi, byla obnována střecha a hlavní průčelí. Obnova fasád byla ukončena v roce 1989. V roce 1994 byla uzavřena smlouva mezi farností a Městem Kutná Hora o novém využití kostela jako koncertní síně a místa kulturních akcí. Restaurátorské práce trvaly od roku 1997 do roku 2000. Dnes je kostel veřejnosti přístupný a pořádají se v něm koncerty a kulturní akce.