Kostel leží severně od Karlovarské ulice poblíž tramvajové smyčky a jihovýchodně od samotné Bílé hory na katastrálním území Řep. Jeho počátky sahají do let bezprostředně následujících po bitvě na Bílé hoře. Mezi roky 1622 a 1624 zde vznikla jednoduchá kaplička obdélného půdorysu, jejíž autor zůstává neznámý. Stavba sloužila smutnému účelu – byla místem, kde ukládali ostatky vojáků z bitvy, kteří neměli řádné pohřbení a jejich těla zůstávala v okolí dlouho po skončení boje.

Přelom v jeho vývoji přišel roku 1628. Podle rozkazu císaře Ferdinanda II. se při kapli začal stavět klášter servitů. Klášterní kostel měl být velebením vítězství katolické církve. Slavnostní pokládka základního kamene se konala 25. dubna 1628 a zúčastnil se jí sám císař Ferdinand II. s chotí Eleonorou a synem Ferdinandem III. Symbolicky byla do základů vložena pamětní medaile zobrazující plánovanou podobu kláštera. Klášter však zůstal nedokončen a jeho budovy putovaly k jinému využití. Kaple se setkala se zmítáním některých dějinných událostí – při švédském vpádu roku 1634 byla poškozena a následně přeměněna na kostnici.

Nový život získala stavba roku 1704, kdy ji bavorský zedník Michael Hagen podstatně přestavěl. Byla zasvěcena svatému Václavovi a papežský průkaz dovolil sloužit v ní mše. Datum vysvěcení, 8. prosince 1704, je vytesáno v nadpraží vchodu. Takto začala dlouhá doba rozšiřování areálu. Pravděpodobně v letech 1705 až 1706 k ní vznikl osmiboký presbytář s nízkou kupolí a lucernou. Tímto vznikla nová svatyně zasvěcená Panně Marii Vítězné, kterou dne 8. srpna 1706 vysvětil pražský biskup Vít Seipl.

Od té doby se areál systematicky rozšiřoval. V následujících letech postupně přibyly sakristie, kůr, a především řada malých kaplí věnovaných různým svatým – svatému Rozálovi (později sv. Feliciánovi), svatému Vojtěchovi, svatému Hilárovi, svatému Janu Nepomuckému, Nejsvětější Trojici a svatému Václavovi. Jejich výstavba probíhala postupně mezi lety 1708 a 1714. Roku 1714 byla také stržena původní kupole a nahrazena novou, vyšší, kterou dokončili v roce 1715. Od roku 1720 se začalo stavět okolo celého areálu sloupoví se arkádami, která byla dokončena roku 1729.

Klášter, který zbořil císař Josef II., později převzaly náboženské matice. V roce 1786 provedl soupis majetku a poutní areál prodán Josefu Ulrichovi, sládkovi z Motola. Na situačním plánu z roku 1793 je již patrné, že vznikla ještě další stavba – kaple Božího hrobu na severní straně ambitu, která podle všeho vznikla mezi roky 1750 a 1785. Předpokládá se, že byla inspirována stavbou u křižovníků na Novém Městě pražském.

Kostely a kaple, které dnes tudy procházejí tisíce poutníků ročně, jsou vzácným svědectvím o architektonickém vývoji od počátku 17. století a neopomenutelné připomínkou jedné z nejvýznamnějších událostí české historie.